La microbiologie environnementale est une discipline récente qui, par nature, fait appel à des compétences fortement pluridisciplinaires. De ce fait, elle est représentée à des degrés très variables au sein de nombreux laboratoires dont les axes de recherche requièrent ce type de compétences. Cette discipline est donc relativement dispersée et peu lisible alors que les forces en présence sont relativement importantes et probablement très complémentaires.